Ο Χειρουργός Εμμανουήλ Ζαχαράκης γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το 1972. Το 1989 εγγράφηκε στην Ιατρική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης με την διαδικασία των Πανελλαδικών εξετάσεων, από την οποία και αποφοίτησε το 1995.
Το 1996 εκπλήρωσε την υποχρεωτική υπηρεσία υπαίθρου και κατόπιν την υποχρεωτική στρατιωτική του θητεία ως τον Οκτώβριο του 1998. Αμέσως μετά, ξεκίνησε την ειδίκευση του στην Γενική Χειρουργική αρχικά στην Χειρουργική Κλινική του Γ.Ν.Ν. Βέροιας και μετέπειτα στην Πανεπιστημιακή Χειρουργική Κλινική στο Νοσοκομείο ‘Γ. Παπανικολάου’ Θεσσαλονίκης, όπου και την ολοκλήρωσε το Φεβρουάριο 2006. Κατά την διάρκεια της ειδικότητας του ξεκίνησε και την εκπόνηση της Διδακτορικής του Διατριβής.
Κατά την διάρκεια της ειδικότητας, του χορηγήθηκε εκπαιδευτική άδεια από το Υπουργείο Υγείας για την μετάβαση του σε Νοσοκομείο του Εξωτερικού. Έτσι το 2004 εργάστηκε σε έμμισθη θέση ως ειδικευόμενος Γενικής Χειρουργικής, στο Νοσοκομείο Royal Berkshire Hospital, Reading της Μ. Βρετανίας, όπου ειδικεύτηκε στην Γενική Χειρουργική και ειδικότερα στις παθήσεις του θυρεοειδούς, των παραθυρεοειδών αδένων και του μαστού.
Μετά την ολοκλήρωση της ειδικότητας του, ο ιατρός έζησε κ εργάστηκε επί 7ετία στο Λονδίνο στη Μ. Βρετανία. Από το 2006 εργάστηκε ως Επιμελητής (Senior Registrar) σε έμμισθη θέση στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, όπου και εξειδικεύτηκε αρχικά στη Λαπαροσκοπική χειρουργική και Χειρουργική του Παχέος Εντέρου και Ορθού (Laparoscopic Fellowship in General & Colorectal Surgery) και κατόπιν στην προηγμένη Λαπαροσκοπική Χειρουργική και Χειρουργική του Ανωτέρου Πεπτικού (Fellowship in Advanced Laparoscopic & Upper Gastrointestinal Surgery).
Τον Ιούνιο 2007, μεσολάβησε η αναγόρευση του ως Διδάκτορα του Α.Π.Θ. με βαθμό «Άριστα» και θέμα Διδακτορικής Διατριβής: «Η επίδραση του Ινσουλινοειδή Αυξητικού Παράγοντα τύπου Ι στην επούλωση των αναστομώσεων του παχέος εντέρου, σε επίμυες υπό χημειοθεραπεία με 5-φθοριοουρακίλη».
Το Νοέμβριο 2007 και σε ηλικία 35 ετών γίνεται Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος (Consultant in General & Upper Gastrointestinal Surgery) σε έμμισθη θέση στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, στους τομείς της Γενικής Χειρουργικής και Χειρουργικής του Οισοφάγου-Στομάχου. Από τον Δεκέμβριο 2008 συνέχισε να εργάζεται ως Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος(Consultant in General & Hepato-Pancreato-Biliary Surgery) σε έμμισθη θέση στο Νοσοκομείο Hammersmith Hospital, και την διεθνώς αναγνωρισμένη Πανεπιστημιακή Κλινική ‘Hπατος-Χοληφόρων-Παγκρέατος.
Το Σεπτέμβριο 2009 εξελέγη Επίκουρος Καθηγητής & Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος (Senior Lecturer & Consultant in General & Upper Gastrointestinal Surgery) στο Πανεπιστήμιο Imperial College του Λονδίνου και στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, στους τομείς της Γενικής Χειρουργικής και Χειρουργικής του Ανωτέρου Πεπτικού με έμφαση στην ριζική χειρουργική του Οισοφάγο-Γαστρικού καρκίνου και την Προηγμένη Λαπαροσκοπική Χειρουργική.
Μεσολάβησε εκπαιδευτική άδεια από το Πανεπιστήμιο Imperial College London προκειμένου να μεταβεί στο Νοσοκομείο St Janz Hospital, Bruges του Βελγίου, όπου και εξειδικεύτηκε στη Λαπαροσκοπική Χειρουργική της Παχυσαρκίας. Έτσι, από τον Ιανουάριο 2011, παράλληλα με την κύρια απασχόληση του στο Νοσοκομείο St Mary’s Hospital, πραγματοποιούσε και επεμβάσεις παχυσαρκίας στο Νοσοκομείο Charing Cross Hospital του ιδίου Trust ανά τακτά χρονικά διαστήματα.
Από τον Μαίο 2012 κ μέχρι την επιστροφή του στην Ελλάδα, συνέχισε να εργάζεται ως Διευθυντής Χειρουργικού Τμήματος (Consultant in General and HPB Surgery) στο Νοσοκομείο Hammersmith Hospital του Imperial College NHS Trust, στους τομείς της Χειρουργικής ‘Hπατος-Χοληφόρων-Παγκρέατος.
Ο ιατρός κατά τη διάρκεια της εργασίας του στη Μ. Βρετανία έχει πραγματοποιήσει πάνω από 3.500 ανοιχτές και λαπαροσκοπικές επεμβάσεις ποικίλης βαρύτητας. Οι περισσότερες αφορούν την Ογκολογική Χειρουργική Οισοφάγου / Στομάχου, Ηπατος / Χοληφόρων / Παγκρέατος, Παχέος εντέρου / Ορθού καθώς και τη λαπαροσκοπική Γενική Χειρουργική και Χειρουργική της Παχυσαρκίας.
Ο κ Ζαχαράκης έχει δημοσιεύσει πάνω από 80 επιστημονικές εργασίες σε πάνω από 40 διεθνή περιοδικά και ειναι κριτής εργασιών (reviewer) και μέλος της συνακτικής ομάδας (editorial board member) σε πολλά από αυτά. Τέλος, έχει επίσημα διακριθεί από το Πανεπιστήμιο Imperial College London για τη συμμετοχή του στην εκπαίδευση των ειδικευομένων χειρουργών του Δυτικού Λονδίνου στα πλαίσια του σχετικού εκπαιδευτικού προγράμματος όπου έφερε την ευθύνη για την διδασκαλία ανοιχτών κ λαπαροσκοπικών χειρουργικών τεχνικών ανωτέρου πεπτικού. Από το 2013, ο ιατρός ζει και εργάζεται μόνιμα στην Ελλάδα.