Αποφοίτησε με υποτροφία το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης από την Ιατρική Σχολή. Πήρε την ειδικότητα Χειρουργική-Μαιευτική Γυναικολογίας, στο Ιπποκράτειο Νοσοκομείο Θεσσαλονίκης. Εν συνεχεία, εκπαιδεύτηκε στον προγεννητικό έλεγχο:
- στο Vienna International School of 3D UltraSonography στο Βερολίνο (prof. Rabih Chaoui)
- στην «Εμβρυομητρική Ιατρική», στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο του Norfolk στην Κοινοπολιτεία της Βιρτζίνια, των Ηνωμένων Πολιτειών της Αμερικής, (prof. Alfred Abuhamad).
Επίσης, είναι κάτοχος των:
- Certificate στο θεωρητικό course «Παρακολούθηση Κύησης και Μέτρηση Αυχενικής Διαφάνειας στην 11η με 13,6η εβδομάδα και 18η με 22η εβδομάδα», στο Imperial College στο Λονδίνο (prof. KH. Nikolaides)
- Certificate στην Εμβρυοκαρδιολογία στο Kings College στo Λονδίνο (prof. Allan LD)
- Πιστοποιημένος από το Ίδρυμα Εμβρυομητρικής Ιατρικής του Λονδίνου, καθηγητής Κύπρος Νικολαϊδης (certificate FMF ID: 171271-Prof. KH. Nikolaides)
Ο Μιχάλης Μπιλούνι εργάζεται στο Τμήμα Εμβρυομητρικής-Ιατρικής, στο ΙΑΚΕΝΤΡΟ από το 1997.