Αποφοίτησε από την Ιατρική σχολή του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και ολοκλήρωσε την εξειδίκευσή του στη Μαιευτική – Γυναικολογία το 1983.
Το ενδιαφέρον του για την υπογονιμότητα τον οδήγησε το 1984 στην Ιταλία, όπου εκπαιδεύτηκε επί ένα χρόνο στα προβλήματα υπογονιμότητας (Υστεροσκόπηση, Λαπαροσκόπηση, Ανδρολογία, Εξωσωματική Γονιμοποίηση), υπό τη διεύθυνση του Καθηγητή Ettore Cittadini, από τους πρωτοπόρους στην καθιέρωση του GIFT (Gamete Intra-Fallopian Transfer) στην Ευρώπη.
Το 1997 παρακολούθησε επί ένα χρόνο ως Fellow visitor τις εργασίες του τμήματος Ultrasound in Obstetrics and Gynecology του πανεπιστημίου Yale (USA). Αργότερα, συνέχισε τη μετεκπαίδευση του σε διάφορα πρωτοπόρα κέντρα εξωσωματικής γονιμοποίησης (Prof. Schoysman, Belgium,/ Jones & Jones Institute, USA). Είναι κάτοχος του μεταπτυχιακού τίτλου σπουδών με θέμα Clinical Embryology and Andrology του Jones & Jones Institute . Ο κ. Νίκος Πράπας υπήρξε από τους πρωτοπόρους στην καθιέρωση της εμβρυομεταφοράς υπό συνεχή διακοιλιακό υπερηχογραφικό έλεγχο στην εξωσωματική γονιμοποίηση (IVF), και το συγγραφικό του έργο περιλαμβάνει σημαντικό αριθμό επιστημονικών δημοσιεύσεων στο θέμα της υπογονιμότητας.