Η Ειρήνη Στεφανάκη φοίτησε στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης και απέκτησε την Ειδικότητα της Δερματολογίας-Αφροδισιολογίας στο Περιφερειακό Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Ηρακλείου. Είναι διδάκτωρ του Τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης
Από το 2003 ξεκίνησε τη λειτουργία του Δερματολογικού της ιατρείου στη Νέα Φιλαδέλφεια, ενώ από το 2005 έως και σήμερα συνεργάζεται με την Πανεπιστημιακή Κλινική του Νοσοκομείου Α. Συγγρός, αρχικά ως Επιστημονικός Συνεργάτης και ακολούθως ως Επιστημονικός Υπότροφος (Τμήμα σπίλων και μελανώματος, ιατρείο ψωρίασης, εργαστήριο μοριακής βιολογίας). Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα περιλαμβάνουν την εφαρμογή μεθόδων μοριακής βιολογίας σε πρωτόκολλα μοριακής επιδημιολογίας στον τομέα του μελανώματος και της ψωρίασης.
Συμμετέχει ως προσκεκλημένη ομιλήτρια σε πολλά ελληνικά και διεθνή Δερματολογικά συνέδρια. Αποτελεί ενεργό μέλος της Ελληνικής Δερματολογικής Εταιρείας (ΕΔΑΕ), της Ευρωπαϊκής (EADV), της European Association of Dermato-Oncology (EADO), ενώ ανήκει στη Συντακτική Επιτροπή της Ελληνικής Επιθεώρησης Δερματολογίας Αφροδισιολογίας. Είναι συγγραφέας πολλών επιστημονικών άρθρων και κεφαλαίων σε ελληνικά και διεθνή ιατρικά περιοδικά και βιβλία και είναι κριτής (reviewer) σε διεθνή citation indexed δερματολογικά περιοδικά.
Έχει συνεργαστεί με τα ακόλουθα ερευνητικά κέντρα: Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), Εργαστήριο Γενετικής του Νοσοκομείου Παίδων Α. Σοφία, Δερματολογικό Τμήμα Ιατρικής Σχολής Χάρβαρντ, ΗΠΑ.
Η εκπαιδευτική της εμπειρία περιλαμβάνει διαλέξεις στο μάθημα Αφροδισιολογίας στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης (2001-2005), ενώ από το 2005 έως και σήμερα συμμετέχει στα μαθήματα Δερματολογίας και κλινικής εκπαίδευσης των φοιτητών Ιατρικής του Πανεπιστημίου Αθηνών καθώς και στο εκπαιδευτικό πρόγραμμα των ειδικευομένων στη Δερματολογία του Νοσοκομείου Α. Συγγρός.